结构相似性比较（comparison of structural similarity），理学-化学-物理化学-化学信息学-数据库搜索-化学结构检索-结构相似性比较，一般认为，结构相似的分子倾向于具有相似的物化性质和生物活性。结构相似性比较在药学领域极具价值，得到了稳步发展和广泛应用。结构相似性比较可分为二维相似性比较和三维相似性比较。在二维相似性比较中，分子往往用二维分子指纹（如FP4指纹、MACCS指纹、Estate指纹、Pubchem指纹等）进行表征。分子指纹通过检查分子结构中一些特定的子结构是否存在，把分子结构转化成一系列二进制的指纹序列，其中1表示分子中存在这种子结构片段，0表示没有。最常用的相似性指数包括Tanimoto系数、cosine系数及Euclidean距离等，其中Tanimoto系数在二维分子相似性比较中应用最为广泛。在三维相似性比较中，最成熟的是几何形状相似性比较。几何形状相似性比较是通过对比两个分子叠合在一起时所能形成的最大重叠部分的体积占各自体积的比例或特征向量方法，将形状变换成能够有效比较其特征的低维向量。