蛋白质动力学（protein dynamics），理学-物理学-〔物理学与其他学科的交叉〕-分子生物物理学，刻画蛋白质体系动态行为、研究蛋白质分子运动过程与物理相互作用之间关系的学科。蛋白质分子体系在正常的生理条件下常常是处在众多构象状态的动态平衡之中。这种运动状态是蛋白质自身柔性（即分子内相互作用）的必然结果，还常常与相关蛋白质分子的生物功能（如酶催化过程、分子变构信号传导等）存在着密切的关系。由于蛋白质相互作用的多尺度特点，蛋白质具有多尺度和层级特征的能量面结构，相应地蛋白质动力学在不同的时空尺度上表现出多样性的动力学行为。在原子层面上，局部的化学键和侧链间相互作用使得原子和相关侧链基团在平衡位置附近发生小范围的变化（如偏离平衡位置的振动、侧链的旋转异构体等）。在这些微观状态之间的转变常是十分快速的（可到纳秒尺度）。一些相关的运动特征可以通过核磁共振、X射线衍射结构测定等实验手段观察到。在蛋白质二级结构层次上，由于二级结构内部和相互之间的作用存在一定差异，蛋白质的运动常表现出以二级结构片段为单元的运动形式。这在蛋白质变构等功能运动中都有所反映。