生物污染控制（biological pollution control），工学-环境科学-环境工程学-环境污染控制工程-生物污染控制，对各种环境介质中的生物污染实施控制，以满足生态或健康安全需求的过程。由病原微生物引起的污染是生物污染的主要类型。环境中本身存在一部分病原微生物，能在环境生长繁殖，如机会致病菌。还有一部分病原微生物不是环境中原有的微生物，且无法生长繁殖，而是从污染环境而来，如所有的病毒，其中一个重要来源是人和其他温血动物的粪便污染。生物污染防治措施包括污染源控制，病原生物在环境中传播途径控制以及生产过程的消毒和检验等（如水处理消毒、空间消毒、固体表面消毒、植物种子的消毒浸种、拌种、有机肥料的无害化处理、食品生产的严格卫生检验等）。消毒是控制病原微生物污染的主要技术，其主要通过氧化反应、紫外辐射或强电场作用等方式杀灭饮用水、污废水和空气中的病原微生物。消毒技术包括氯消毒、氯胺消毒、二氧化氯消毒、紫外消毒、臭氧消毒、电解消毒等。除消毒外，过滤也具有一定的消毒作用，其主要原理是物理截留作用。过滤技术包括砂滤、微滤、超滤、纳滤、反渗透等。