水产种质系谱（pedigree of aquaculture germplasm），农学-渔业-水产养殖-水产遗传育种学-水产种质资源学-水产种质-水产种质系谱，通过物理标记记录或分子标记信息获得的水产生物个体之间的亲缘关系，及对每一代个体明确身份来源的跟踪记录。为防止种质退化，重要措施就是通过建立种质系谱，来减少近交、增加遗传多样性，具体方法主要有以下三种。系谱分析。是了解水产生物某种疾病或某性状遗传方式的一种常用方法。其基本程序是先对某家系各成员出现的某种性状的情况进行详细的调查，再以特定的符号和格式绘制成反映家系各成员相互关系和发生情况的图解，然后根据孟德尔定律对各成员的表现型和基因型进行分析。水产种质系谱具体应用于育种值的计算、遗传参数的估计、育种方案的制定等。鉴定。依据遗传学基本原理，采用现代化DNA分型检测技术综合评判生物个体之间是否存在亲生、隔代或其他血缘关系。在水产中，为减少环境因素影响而进行混养测试时，在难以实现物理标记的情况下，一般利用DNA分子标记对测试个体进行亲缘鉴定，以辅助提高遗传评估的准确性。亲缘关系分析。