原位杂交分析（in situ hybridization assay），理学-化学-分析化学-生命分析化学-DNA甲基化分析，利用标记的脱氧核糖核酸（DNA）或核糖核酸（RNA）为探针，按照核酸杂交中碱基配对原则，与待测细胞或组织中特定的核酸序列杂交，实现原位检测组织或细胞内特定核酸序列的方法。原位杂交分析可对组织或细胞原位的待测核酸序列进行定性、定量及定位分析，具有很好的敏感性和特异性，在分子生物学、组织化学和细胞生物学等领域具有广泛的应用。经典的原位杂交分析过程包括载玻片处理、组织或细胞的固定、探针的制备、核酸原位杂交、洗涤以及检测。早期的原位杂交分析通过在核酸探针上标记放射性同位素进行检测。同位素标记物由于对人体和环境危害较大，逐步被非同位素标记取代。荧光原位杂交（fluorescence in situ hybridization; FISH）是20世纪80年代末期发展起来的原位杂交技术。由于荧光标记探针具有对环境影响小、灵敏度高等优点，该技术迅速得到广泛的应用。