基元模式分析（elementary mode analysis，EMA），理学-生物学-生物工程-生物技术-生物技术-代谢工程-代谢通量，基于凸分析的代谢途径分析方法。原理与方法与线性规划（见代谢通量分析）均是基于凸分析的代谢途径分析方法。但不同的是，基元模式分析从代谢网络的拓扑结构入手，分析时不需要反应的动力学信息、拟稳态数据，也不需要设定目标函数，分析得到的结果是目标代谢网络中包含的所有路径信息，反映的是拟稳态条件下该网络包含的代谢途径信息。能够计算通量空间中所有的解，每一个解代表一个基元模式，且是相互独立的。因此，在具体的应用中，基元模式可以被定义为一个独立的酶的最小集合，该集合能够维持代谢网络的稳定运行。相应地，稳态下的代谢网络分布即可表示为网络中所包含的基元模式经加权之后的线性组合。对于可逆反应，基元模式分析也并不需要将其分解成两个不可逆的反应。