根肿黑粉菌门，理学-生物学-微生物学-微生物分类学-〔真菌的分类〕，真菌界的一门。生于莎草科、灯芯草科等植物的根上，形成菌瘿。在菌瘿中此类真菌的菌丝螺旋缠绕于活的宿主细胞中，在菌丝顶端形成球状的细胞。这类细胞从菌丝上脱落进而发育成厚壁的冬孢子。营养菌丝双核，菌丝有横隔但无锁状联合，横隔具单孔或桶孔，但孔口两侧既无覆垫也无伏鲁宁体。在条件适合时，冬孢子在孢内萌发形成十字分隔的四细胞“有隔担子”（减数分裂孢子囊），并产生孢子状的繁殖体。本门包含1纲2目2科2属15种。根肿黑粉菌门曾一度作为担子菌门中系统位置不定的一个“纲”，即根肿黑粉菌纲处理，但形态学特征、超微结构特征及分子系统发育证据表明，此类真菌既有担子菌的特征又有别于担子菌，如寄生于小花灯芯草根部的灯芯草根肿黑粉菌（见图），故独立成为一门。