色谱指纹图谱（chromatographic fingerprint），理学-化学-分析化学-化学计量学-化学因子分析，对样品质量控制的分析方法。主要针对中药样品。中药色谱指纹图谱是一种综合的、可量化的色谱鉴定手段。借以鉴别真伪，评价原料药材、半成品和成品质量均一性和稳定性。其基本属性是“整体性”和“模糊性”。除了分析中药样品，色谱指纹图谱还是一种对复杂分析样本，如植物样本、油品样本、生物样本、部分食品样本等，进行综合和整体的鉴定手段，其功用范围包括鉴别样本真伪、评价样本的质量均一性和稳定性。但从细节上看，色谱指纹图谱又是模糊的，不能对其色谱峰要求一一对应，而只能采用相似度或模式识别方法作为其评价标准和方法。