黄素辅因子（flavin cofactor），理学-生物学-生物工程-酶工程-酶工程-酶分子修饰-辅因子，一类氢和电子的传递体，同时也是生物体内氧化还原反应所需要的一类重要辅酶。又称黄素辅酶。主要包括黄素腺嘌呤二核苷酸（FAD）和黄素单核苷酸（FMN），FMN及FAD是黄酶蛋白（氧化还原酶）的辅因子，参与体内复杂的生物氧化反应及能量代谢。它们可以接受2个氢而被还原为还原型黄素单核苷酸（FMNH2）及还原型黄素腺嘌呤二核苷酸（FADH2）。其中FMN是呼吸链的氢和电子传递体，FAD主要参与有机物（如脂肪酸等）的氧化脱氢反应。FADH2可将氢通过呼吸链传递至氧生成水，释放能量用于腺苷三磷酸（ATP）的合成；在某些情况下，也可将氢直接传递给氧而生成过氧化氢（H2O2），H2O2可被过氧化氢酶催化分解成水和氧气。这两种黄素辅因子是由维生素B2（核黄素）转化形成的。生物催化中研究较多的黄素依赖型单加氧酶主要包含以下几种：苯乙烯单加氧酶、羟基联苯3-单加氧酶、与脱硫作用有关的单加氧酶及苯乙炔单加氧酶等。