主要侵害下部叶鞘和茎秆，初在近水面叶鞘上产生褐色小斑，后扩展为黑色纵向坏死线及黑色大斑，上生稀薄浅灰色霉层，病鞘内常有菌丝块。小黑菌核病不形成菌丝块，黑线也较浅，病斑继续扩展使茎基成段变黑软腐，病部呈灰白色或红褐色而腐烂。剥检茎秆，腔内充满灰白色菌丝和黑褐色小菌核。Helminthosporium sigmoideum称稻卷芒双曲孢霉，属半知菌亚门真菌，是小球菌核病菌的变种。分生孢子梗在病组织或浮于水面菌核上形成，单生或数枝簇生，分生孢子纺锤形，弯或呈“S”形，顶细胞上生卷须状长丝。后期病部可形成深橄榄色菌核。