体细胞高频突变发生于基因重排后成熟B细胞受抗原刺激后的分化发育阶段，并非发生于胚系基因片段上，突变频率高，而且只出现于次级淋巴器官的生发中心。主要方式是替代性点突变。生发中心微环境中进入中央母细胞阶段的活化B细胞，重链和轻链的V区基因可发生高频率的点突变，称为体细胞高频突变(somatic hypermutation)或体细胞超突变。突变后产生的各种B细胞克隆，BCR亲和力各不相同。然后在中央细胞阶段，经过FDC捕获抗原的选择，使表达高亲和力的B细胞免于凋亡。其总体结果是，后代B细胞及其产生的抗体对抗原的平均亲和力得到了提升，称为抗体的亲和力成熟(affinity maturation)，使所分泌的抗体可更有效地保护机体免受外来抗原的再次侵袭。