生态经济系统是由生态子系统、经济子系统、社会子系统三者共同相互交织、相互作用、相互混合而成的复合系统。在生态系统与经济系统之间不仅存在物质、能量和信息的交换,还有着价值流的循环与转换。所以说,生态经济系统是具有独立的特征、结构和机能的生态经济复合体,它有着自身运动的规律性,如物质运转、能最转换、信息传递和价值转移都不同于单独的生态系统和经济系统。生态系统和经济系统之间存在着对立统一的关系,它们彼此之间相互交织在一起,因为经济活动的发展基础依赖于生态资源。而纯粹的自然生态系统不应该有人类活动的痕迹,有人类经济活动的生态系统,就会因人类劳动的迹象被划为经济系统,所以生态经济系统包含了自然力和劳动力,它们相互协作共同创造出财富,不仅完成了自然再生产也完成了经济的再生产。所以说,大多数的复合生态经济系统就是通常人类见到的经济系统和生态系统。生态经济系统之间存在着物质交换和能量流动,它们的相互作用和影响就组成了有机体,因此生态经济系统不是自然的生态系统和人类社会经济系统的简单叠加,而是生态经济要素遵循某种生态经济关系的集合体。