生物三域理论，是近代的生物分类理论。细菌域（Domain Bacteria）、古菌域（Domain Archaea）和真核域（Domain Eukarya），即为三域系统（Three-domain system）。生物三域理论是由卡尔·沃斯（Carl Woese）在1977年提出的生物分类，将原核生物分成了两大类，起初称为真细菌（Eubacteria）和古细菌（Archaebacteria）。Woese依据16S rRNA序列上的差别，认为这两组生物和真核生物从一个具有原始遗传机制的共同祖先分别进化而来，因此将三者各划为一类，作为比界高的分类系统，称作“域”(Domain)或者“总界”(Superkingdom)。1990年，Carl Woese为了避免把古细菌也看作是细菌的一类，又把三域这三域改称为细菌(Bacteria)、古菌(Archaea)和真核生物(Eukarya)。