多层间接抵免是指居住国对母公司来自其外国子公司，并通过外国子公司来自其外国孙公司以及外国孙公司下属的外国重孙公司等多层外国附属公司的股息所应承担的外国所得税的税收抵免。母、子、孙、重孙等公司的关系呈现出层层控制的突出特征，股息分配方向是自下而上的。在每一层公司向上一层公司支付的股息中，都含有收到的下一层公司支付的股息部分，也都包含了承担的本层公司和下一层公司的部分所得税额。多层间接抵免的计算原理与一层间接抵免方法基本相同，可以类推，但计算过程和步骤要复杂一些，需要从所涉及的最基层公司向上一层支付的股息所应承担的所得税额算起，逐层往上计算，最后计算出母公司应纳所得税额。