紫萁小菇的菌丝无色透明，有分隔;子实体散生或丛生，菌柄长0.8-3.1厘米;菌盖直径0.15-0.5厘米。紫萁小菇发育前期半球形，灰色，密布白色鳞片，后平展，中部微突、灰褐色，边缘不规则，白色，甚薄，柔软，无味无臭,盖表细胞球形成宽椭圆形，有刺疣，13一19微米×10一15微米，菌褶白色、稀疏，9-32片，离生，放射状排列，不等长.缘侧密布具刺疣、梨形的囊状体，23-31微米×9-11微米;孢子无色、光滑，椭圆形，有微淀粉反应，7-8微米×5-6微米;菌柄直立,直径0.6毫米，中空、圆柱形,上部白色，基部褐色至黑褐色，稀疏散布白色鳞片，柄表细胞长形，具刺疣，基部着生在密市丛毛的圆盘基上。