序列同源（sequence homology），理学-生物学-遗传学-遗传学-转录组学-表观转录组学，不同的DNA片段或不同的蛋白质在核苷酸序列或氨基酸序列上的同源。同源关系的概念最初是由英国生物学家R.欧文[注]于1843年提出的，从相似物种的角度定义同源关系为某种动物中的部分或全部器官与不同动物中的另一部分或全部器官具有相似的功能。1949年将同源关系表述为进化证据。直至1970年，美国分子生物学家W.M.菲奇[注]将同源定义为：从共同祖先基因遗传下来的，通常带有分歧的两个特征之间的关系，这个关系可以体现在基因、结构、功能和行为等水平特定位置的存在。1987年提出，如果两条序列有一个共同的进化祖先，那么他们是同源的。这里不存在同源性的程度问题，只有同源和非同源之分，利用百分比等来描述序列同源的方法是不正确的。序列同源并没有序列相似性的要求，两条序列同源，可以相似也可以不相似，这取决于它们发生分歧的时间和进化的速率。另外序列同源也没有功能相似的要求，序列同源是进化事件的证据，但与功能无关。同源性特征可以分为种内同源和种间同源。