羧基修饰（carboxyl modification），理学-生物学-生物工程-酶工程-酶工程-酶分子修饰-侧链修饰，采用各种羧基修饰剂与酶蛋白侧链的羧基进行酯化、酰基化等反应, 使酶蛋白的空间构象发生改变的方法。在能被生物体直接用于合成蛋白质的20种氨基酸中，极性带负电荷的氨基酸（酸性氨基酸）有两种，即天冬氨酸（Asp）及谷氨酸（Glu），它们都含有一个氨基和两个羧基，在蛋白质中酸性氨基酸会存在一个游离的羧基侧链。可与蛋白质侧链上的羧基发生反应的化合物称为羧基修饰剂, 如碳化二亚胺、重氮基乙酸盐、乙醇盐酸试剂等。在几种修饰剂与羧基的反应中，水溶性的碳二亚胺类可以特定修饰酶的羧基，因此可定量测定酶分子中羧基的数目，而且此反应在比较温和的条件下就可以进行，因此已成为最普遍的标准方法。另外在一定条件下，丝氨酸，半胱氨酸和酪氨酸也可以被修饰。通过羧基修饰，还可以判断羧基基团是不是维持酶活的必须基团。比如，利用羧基修饰剂修饰N-乙酰氨基葡萄糖转移酶Ⅲ后，发现该酶活力丧失，说明羧基是N-乙酰氨基葡萄糖转移酶Ⅲ的必要基团之一。