基因叠加（gene stacking），理学-生物学-生物工程-基因工程，将两个以上不同的外源基因转入植物，并实现多个基因协同表达，以完成生物的代谢过程或增强某一特定性状的程度的方法。操作技术有：①多次转化实现基因叠加。通过传统的方法，将两个或多个基因连续转入植物中。可以有两种方法，一种为将两种转基因植物杂交，另一种为将第二个基因转入已经为纯合状态的转基因株系中。②多基因共转化。共转化被认为是多基因转化中有发展潜力的方法，可以通过基因枪用不同的表达载体同时轰击受体进行转化，或者携带不同转移DNA（T-DNA）的单一（或多个）农杆菌菌株共同转化受体。③独立表达框组合法。每一个基因都有单独的启动子和终止子，将它们串联起来共同导入受体。④多聚蛋白酶法。将多个目的基因的DNA序列融合在一起，使其处于同一表达框内，多个基因在同一个启动子下转录成一个转录本，翻译后得到一个由不同的功能蛋白质拼接在一起的新型的多结构域的人工蛋白质。抗虫及耐除草剂的转基因玉米MON87411，包含了6种不同的抗虫基因和两种不同的抗除草剂基因。