模式菌株（type strain），理学-生物学-微生物学-微生物分类学-〔系统发育树〕，微生物种或亚种的代表性菌株。微生物分类学中的模式菌株类似于植物种的模式标本（type specimen或称蜡叶标本）。虽然这两者都是生物实体，但它们最大的区别：后者只能被观察和拷贝，而前者可以再次被培养与繁殖，进行反复观察和检测。由于微生物个体微小，其形态特征难以描写详细，但是受当时检测和分析技术的限制，其重要特性及其组分了解也很有限。模式菌株就是后续分类学研究必不可少的比较生物材料。再者，随着科学技术的不断发展，不同时期分类学的研究方法与技术也随之发生变化，甚至种的概念也有一定的调整。用现代的检测与分析手段对原有的模式菌株重新进行分类与鉴定，有不少的菌株等被转入其他的种属或建立新的分类单元。这种情况在微生物分类学中已是很正常的现象。但是如果模式菌株不存在，就无法更正原有错误的分类地位。在《伯杰氏系统细菌学手册》第二版前言部分特地指出“模式是一种尺度”，是以后界定相关分类单元的基础。