深古菌门，理学-生物学-微生物学-微生物分类学-古菌的分类，古菌域的一个候选门。“Bathyarchaeota”中的前缀源于希腊语中的“bathys”，意为“深”，用来表示这一类古菌常见于深海沉积物，另外，其在系统发育树中靠近曙古菌门（Aigarchaeota）和奇古菌门（Thaumarchaeota）的根部。深古菌广泛分布于陆地和海洋的各种环境，如热泉、海洋水体及沉积物、沿海盐碱滩、淡水湖及盐湖、河流、河口水体和沉积物、石油污染土壤、白蚁肠道、火山泥、垃圾渗滤液和厌氧废水反应器等，但尚未获得纯培养。深古菌的细胞为球状，较小，直径只有0.4～0.5微米。由于深古菌常被发现于厌氧环境，且其丰度与环境中总有机碳之间存在显著相关性，加之其基因组中包含大量参与蛋白质、芳香族化合物、碳水化合物等有机质代谢的基因，因此推测，多数深古菌营厌氧异养代谢，部分类群可能具有自养产乙酸的能力。深古菌门的多样性极为丰富，至少包括21个亚群，亚群之间的16S rRNA基因相似性很低（低至76%）。