细胞工厂（cell factory），理学-生物学-生物工程-生物技术-生物技术-合成基因组学，利用生命的机能实现物质的加工生产的场所。在不同学科领域，其定义有所区别。在合成生物学领域：指通过代谢工程改造，加强其产生天然代谢产物的含量，或是赋予细胞产生新的代谢产物的能力，把细胞改造成生产药物、食物和材料，甚至诊断用生物感受器的工厂。在制药工业领域：指大规模细胞培养系统。利用“细胞工厂”来大批量生产药用重组蛋白质已成为蛋白质和抗体生产的主流方法。在细胞生物学和高中课本中：细胞工厂作为一个比喻，将细胞比作工厂。指一个细胞不断分裂，细胞中的核糖体在内质网中合成蛋白质，经过运输到高尔基体上进行加工分类发送。溶酶体是消化车间，分解衰老损伤的细胞器。