全程硝化菌（Complete Ammonia Oxidizer，Comammox; complete nitrifer）是不仅把氨氧化成亚硝酸盐，并进一步把亚硝酸盐氧化成硝酸盐的微生物。这类微生物的发现改变了过去100多年来人们认为硝化过程由氨氧化菌和硝酸化菌来共同完成的认识。全程硝化菌（Comammox，COMplete AMMonia OXidiser，complete ammonia oxidizing bacteria， complete nitrifier） 是同时拥有氨氧化功能和亚硝酸氧化功能的微生物，它通过亚硝酸盐把氨氧化成硝酸盐。