黏膜免疫系统是由分布于胃肠道、泪道、唾液分泌管、呼吸道、泌尿道和乳腺黏膜内的淋巴组织组成的，占据了机体淋巴组织的大部分。其中胃肠道的黏膜免疫系统尤令人关注，特征如下：具有特殊的集合淋巴结(又称Peyer’spatches)；具有黏膜归巢(muoz~alhoming)受体，即淋巴细胞通过再循环又回到黏膜的模式；是IAe B细胞和记忆T细胞定位的所在地；所分泌的免疫球蛋白主要是S~IAe等。这些性质一方面能使宿主不受病原体的伤害，另一方面会使机体对普通的食物抗原和正常的微生物产生免疫耐受。黏膜免疫系统近年来的一个主要进展是提出了黏膜相关淋巴组织的概念，即指由于炎症和自身免疫反应等在黏膜内所形成的相关淋巴组织，分布于肠、胃、气管、眼结膜和扁桃体等器官的黏膜内。黏膜相关淋巴组织所在的黏膜上皮内含有一种M细胞(microfoldeelI)，它能输送抗原性物质透过黏膜，并启动免疫反应。