表位作图，早期表位作图或定位(epitopemapping)主要是采用精细的、但十分繁琐的蛋白质化学方法。这些方法是基于蛋白质修饰和降解的原理，可经侧链化学修饰法选择性地标记氨基酸，失去结合的部分将被测出。蛋白质抗原被降解为小片段，经测序后确定抗体结合的位点。虽然其结果在蛋白化学中是非常完美的例子，但是要确定某一抗原的全部表位需要大量的时间。分子克隆技术和肽链合成方法的进展极大地促进了表位作图方法的改进。现已可以通过诱变、蛋白质合成或蛋白竞争结合方法鉴定其表位。此外，表位序列测定的应用对抗体结合表位的分析具有显著的优越性。表位作图方法也可用在其他方面的研究，如蛋白质功能活性的定位，以及特殊标志的结合区分析。