紫檀木玉化是几百万年或更早以前的树木被迅速埋葬地下后，在地层中，树干周围的化学物质如二氧化硅、硫化铁、碳酸钙等在地下水的作用下进入到树木内部，替换了原来的木质成分，保留了树木的形态，经过石化作用形成的植物化石，因其中所含的二氧化硅成分多，所以，常常称为硅化木。它保留了树木的木质结构和纹理。颜色为土黄、淡黄、黄褐、红褐、等，紫檀玉化木又称之为硅化木。原始的紫檀树木被包含二氧化硅的水所淹没，木头里的细胞被石英家族的石髓、蛋白石等所置换，虽然还保留着木头的外观，但实质上已经是百分之百的石头（石英）了。西方的神秘学家们认为，原本腐烂的木头，在经过石英置换后，竟然变成不朽的宝石。