余启元（1543年—1633年），字伯贞，号大鄣。徽州婺源人。中国明朝万历、泰昌、天启时大臣。历任浙江丽水知县、北直隶黄县知县、湖广都司、嘉鱼知县，北直隶临城县知县；霸州学正；山东武定州学正；国子监助教；户部广东司主事；监兑江西漕粮兼都易州粮储；北京光禄寺丞、少卿；南大理寺丞署本寺卿、总督粮储；通政使司通政使；南京鸿胪寺卿；北京鸿胪寺卿；南京太常寺添注少卿；大理寺卿等。余启元祖籍婺源鄣村，生于嘉靖（1543年），嘉靖四十年（1561年）入县学，嘉靖四十年（1563年）补廪膳生，隆庆元年（1567年）中丁卯科应天府乡试举人，万历二年 （1574年） 中甲戌科殿试三甲赐同进士出身一百二十八名。