申朝纪（？-1648年），辽东（今辽宁省境）人，隶属汉军镶蓝旗，中国清朝初期官员。申朝纪于天聪八年（明崇祯七年，1634年），任刑部启心郎。顺治元年（1644年），任河南河北道，驻怀庆，申朝纪击败了农民军之进攻。顺治二年（1645年），迁江南布政使，擢山西巡抚。顺治三年（1646年），疏言禁革驿递滥应，里甲私派。申朝纪于顺治四年（1647年），剿捕阳城王希尧、贾国昌起义，镇压汾州营卒李本清，任自兴兵变，讨剿宁乡杨春畅起义。擢宣府、大同、山西总督。顺治五年（1648年），申朝纪去世。天聪八年（1634），授刑部启心郎。文馆朱延庆疏陈时事，推荐申朝纪温雅正直，练达世务，处家俭，守身约，讷言敏行，足任鸿钜。