中国科学院上海巴斯德研究所（以下简称上海巴斯德所）于2004年10月11日揭牌成立，2005年7月开始运行，2009年7月23日获中央机构编制委员会办公室批复，是中科院唯一整建制从事人类传染性疾病基础研究和相关技术应用的综合性研究机构。自2017年开始，上海巴斯德所共建方变更为中国科学院和法国巴斯德研究所。法国巴斯德研究所曾于1936年在上海建立上海巴斯德所，1950年由上海市人民政府接管，1951年8月1日在上海巴斯德所基础上，成立中国人民解放军军事医学科学院，后于1958年整体迁往北京。 上海巴斯德所聚焦病原微生物基本生命活动规律、重大传染性疾病的致病机制等关键科学问题，推动病原学、免疫学和疫苗学知识创新与学科发展。以解决病原发现、生物治疗（抗体、疫苗等）、军民两用的共性瓶颈技术问题为着力点，重点为我国面临的公共卫生与生物安全提供科技支撑和解决方案。以创新国际合作机制和军民融合机制为契机，建设提供健康与安全科技支撑与解决方案的国际一流研究机构，成为标杆式的国际化研究所，为“一带一路”战略推进提供技术支撑与保障。