北京交通大学理学院成立于1998年8月，目前涵盖了数学、物理、化学、生物四个一级学科，目前下设数学系、物理系、化学系、光电子技术研究所、生命科学与生物工程研究院5个二级教学科研单位。学院拥有牵头建设的光学工程、物理学、数学、统计学4个一级博士学位授权学科，协助建设的系统科学、电子科学与技术2个一级博士学位授权学科;拥有牵头建设的数学、物理学、光学工程、统计学、生物学、化学工程与技术6个一级硕士学位授权学科;学院设有光电信息科学与工程、信息与计算科学、统计学、材料化学、纳米材料与技术(中外合作办学)5个本科专业，以及2005年开始招收的理科实验班--思源班，2013年开始招收的"基础学科试点班"