理学院的前身是创建于1978年的化学及物理学科，于2003年整合相关学科资源组建，迄今已有30余年的办学历史，是红河学院最早成立的三个二级学院之一。学院现有化学、物理学、冶金工程、食品科学与工程四个一级学科，下设物理、化学、冶金三个系，有物理学、化学、冶金工程、食品质量与安全四个本科专业，有云南省"有机化学"重点学科、云南省高校"天然药物与化学生物学实验室"重点实验室、云南省高校"地方特色资源利用与新材料"重点实验室、云南省化学重点专业、省级化学教学团队、省级化学实验教学示范中心，省级本科实践教学能力提升工程项目、省级卓越工程师教育培养计划以及校级物理实验教学中心，目前化学学科为云南省硕士点建