脱氧核糖核酸有多种不同的构象，其中有些构象之间在构造上的差异并不大。目前已辨识出来的构象包括:A-DNA、B-DNA、C-DNA、D-DNA[31]、E-DNA[32]、H-DNA[33]、L-DNA[31]、P-DNA[34]与Z-DNA[9][35]。不过以现有的生物系统来说，自然界中可见的只有A-DNA、B-DNA与Z-DNA。脱氧核糖核酸所具有的构象可根据脱氧核糖核酸序列、超螺旋的程度与方向、碱基上的化学修饰，以及溶液状态，如金属离子与多胺浓度来分类[36]。三种主要构象中以B型为细胞中最常见的类型[37]，与另两种脱氧核糖核酸双螺旋的差异，在于其几何形态与尺寸。