片段连接药物设计法（fragment connection-based drug design），理学-化学-物理化学-化学信息学-从头药物设计-片段连接药物设计法，通过将某些方法得到的孤立片段连接起来构成完整分子的一类方法。片段连接药物设计法是从头药物设计中较为重要的一类方法，包括CAVEAT、HOOK、SPLICE、NEWLEAD等方法。该类方法的基本前提是需要连接的孤立片段都可与靶标产生较好的结合。此外，该类方法的一个重要特点是连接孤立片段的连接片段不会对孤立片段和靶标间的结合模式产生大的影响。因此，一个连接片段应避免与靶标分子产生明显的碰撞，而且这个连接片段必须具有合适的构象。片段连接法具有以下优点：①可以很快地把放置在活性口袋中的候选片段进行连接，以得到完整的配体分子。②可通过选择特定的连接片段，如环系的模板，让得到的配体分子具有较大的刚性，以降低体系的熵变。③片段连接法所用的连接片段从柔性的脂肪链到刚性的环系片段有很多不同的选择，有些方法还可以考虑连接片段的柔性，或通过储存连接片段的多重构象来考虑柔性。片段连接法也存在一些问题，主要是对于片段柔性的处理。