切割扩增多态性序列（c1eaved amplified polymorphic sequences; CAPS），理学-生物学-生物工程-生物技术-生物技术-基因组工程-连接酶链式反应，聚合酶链反应（PCR）技术与限制性片段长度多态性（restriction fragment length polymorphism; RFLP）技术结合的方法。对特定DNA序列设计出相应PCR引物，然后对目的DNA片段进行扩增，接着用合适的限制性内切核酸酶切割扩增产物，凝胶电泳检测，染色并进行限制性片段长度多态性分析。1993年，有文献报道在拟南芥2种不同的生态型Col和Ler之间发展出了18套这样的CAPS标记。1994年另有文献报道用限制性内切核酸酶TaqⅠ对线虫基因进行酶切，在线虫抗感品系间表现了多态性，并能区分纯合、杂合品系，成为与抗线虫病基因Mi连锁的共显性标记。1999年，有文献报道获得了辣椒中与抗马铃薯Y病毒病和辣椒斑驳病毒病的抗病基因Pvy4紧密连锁的扩增片段长度多态性（AFLP）标记，将8个标记中最靠近的1个共显性AFLP标记转化成了共显性的CAPS标记。