基因组尺度代谢网络（genome scale metabolic network），理学-生物学-生物工程-生物技术-生物技术-代谢工程-反向代谢工程.，以基因组序列和注释信息为基础，通过基因—蛋白质—反应的相互关系重构模拟生物体的代谢过程。原理从基因组序列出发，结合基因、蛋白质、代谢数据库和实验数据，从系统的角度定量研究生命体的代谢过程，了解各个组分之间的相互作用关系。进行系统生物学分析的大致流程可分为两种：①自上而下。从生物信息数据库中提取特定物种的全部信息，结合高通量数据和文献中的数据，通过特定的数据整合方式形成模型，并进行多轮的模拟—验证—修改—再模拟循环过程得到高质量的模型；随后可使用模型进行寻找靶点、生物学发现等预测性分析。②自下而上。从大量的实际实验数据出发，如转录表达芯片数据、代谢组学数据等，通过结合这些实际实验数据重构形成模型。