全自动DNA测序法（automated DNA sequence analysis），理学-生物学-生物工程-生物技术-生物技术-基因组工程-连接酶链式反应，用自动测序仪进行DNA序列测定的方法。原理利用全自动测序仪测序，采用4种荧光染料标记核苷酸后在一个泳道测序。由于可以采用两种荧光标记方法、多种DNA聚合酶和测序试剂盒，使得测序DNA模板种类和速度大大增加，全自动测序仪测序速度高达200碱基对/小时，一个反应可以测定700余个碱基。全自动测序在电泳技术方面采用精确控温，提高了测序的精确度。应用多种软件进行DNA片段大小和定量分析、遗传基因的组型分析、DNA亚克隆序列拼接、DNA和蛋白质序列比较等使得一次测序样品数量大大增加，极大地提高了工作效率。