水产种质遗传标记（aquaticgermplasm genetic marker），农学-渔业-水产养殖-水产遗传育种学-水产育种遗传评估-水产种质遗传标记，准确刻画水产生物目标种质遗传特征的完整描述。已使用过的水产种质遗传标记有形态学标记、细胞学标记、生物化学标记、免疫学标记和分子标记5种类型。单一标记很难准确完整地描述某个种质，尤其既能区分品种又能联系到种质的经济和遗传特征。在种质鉴定方面，种间鉴定比较有效，但种内的不同品种和不同地理群间的鉴定需要特异标记。形态标记仍是种质鉴定的主要方法，如体色、鳞被、体长等表观性状。细胞学标记中的核心分析仍作为种质评估的方法，但研究中使用的已经很少了。生化标记中的同工酶仍是中国品种评价使用的标记。1974年以来，开发出很多种效果非常好的DNA分子标记，使用较多的有：SSR标记，全称为简单序列重复标记，又称微卫星DNA。微卫星DNA的优点是呈共显性遗传、多态性丰富、重复性好、适于自动化分析也适于实验室人工操作。SNP标记，全称为单核苷酸多态性标记。1996年由美国学者提出的第3代DNA遗传标记。