蛋白片段互补技术（protein fragment complementation），理学-化学-分析化学-生命分析化学，将可以发生相互作用的蛋白分别融合到片段上，通过蛋白的相互作用提高片段的有效浓度，从而促进片段发生正确的折叠形成有活性的报告蛋白的技术。通过检测报告蛋白的活性可以检测目标蛋白间的相互作用。信号的强度正比于形成的复合物的数目。这个技术最显著特点是依赖于蛋白折叠而不是蛋白亚基间的对接。蛋白片段互补技术示意图这个技术最早是通过裂分泛素技术实现的，解决了此前使用双杂交技术时无法检测细胞核里的蛋白相互作用的问题。为了实现活细胞内信号的直接读出，可以使用半乳糖苷酶、二氢叶酸还原酶、内酰胺酶等作为报告蛋白。使用内酰胺酶作为报告蛋白时，响应时间仅为数分钟。蛋白互补技术被成功地用于确认细胞内蛋白-蛋白相互作用，特别是监测膜蛋白间的相互作用。利用酶作为报告蛋白时，需要外加底物，通常产生较大的背景信号。为了实现无须外源试剂的蛋白片段互补分析，可以使用自荧光蛋白（如绿色荧光蛋白）作为报告蛋白。