高通量虚拟筛选（high-throughput virtual screening），理学-化学-物理化学-化学信息学-虚拟高通量筛选，通过分子模拟技术筛选化合物数据库，搜索和发现与靶标结合或符合特定定量构效关系模型的化合物。高通量虚拟筛选可以分为两类，即基于受体的虚拟筛选和基于配体的虚拟筛选。基于受体的虚拟筛选从靶标的三维结构出发，研究靶标结合位点的特征以及它与小分子化合物之间的相互作用模式，根据与结合能相关的亲和性打分函数对靶标和小分子化合物的亲和力进行评价，最终从大量的化合物中挑选出结合模式比较合理且预测得分较高的化合物，用于后续的生物活性测试。其中分子对接是基于受体虚拟筛选的主要技术。基于配体的虚拟筛选一般是利用已知活性的小分子化合物，根据化合物的形状相似性、药效团模型或定量构效关系模型在化合物数据库中搜索能够与它匹配的化学分子结构，最后对这些挑选出来的化合物进行实验活性评价。