基因分型测序（genotyping-by-sequencing; GBS），理学-生物学-生物工程-基因工程，通过测定单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism; SNP）来进行基因分型研究的遗传测序手段。例如全基因组关联分析（genome-wide association studies; GWAS）。原理在任何基因组较大的生物中要进行基因分型测序，首先要降低基因组的复杂性，这一过程可以通过限制性内切核酸酶来完成，同时通过甲基化敏感的限制性内切核酸酶可以过滤掉重复的基因组片段。将经过消化的基因组进行聚合酶链反应（PCR）扩增来建立一个拷贝数增加的文库，并使用新一代测序技术对GBS文库进行测序，最后通常能够获得大约100碱基对的单端序列。该技术十分廉价并且已经被应用于植物育种等工作中。尽管与限制酶切位点的相关测序技术十分类似，但二者在方法上仍然存在很大的不同。