嗜二氧化碳菌（英语：Capnophiles）是一类适合在高浓度二氧化碳下生存的微生物。“嗜二氧化碳菌”只是一个对这类生物进行大致描述的术语，对其所描述生物的分类和进化关系的建立没有什么贡献。对于一部分嗜二氧化碳菌而言，二氧化碳是其代谢过程中不可或缺的物质，但高二氧化碳浓度的环境对于其它嗜二氧化碳菌而言仅有助于其争夺资源而已。不同的嗜二氧化碳对氧气的耐受力（或利用能力）不同，而这一能力对它们能否在相关环境下存活至关重要。如属于嗜二氧化碳菌的弯曲杆菌（Campylobacter）因其也属于能在低氧气浓度下存活（氧含量非常低的环境除外）的微需氧微生物，故适合在高二氧化碳和低氧浓度环境中生存，所以容易被识别。嗜二氧化碳菌在正常大气中无法存活（在地球大气中二氧化碳的含量为0.04%