元基因组指基因信息控制组，又被称为"微生物组"或"人类第二基因组"。是世界各国研究力度大的课题之一。实际上，产生元基因组学方法的驱动力来源于一次科学失败。Handelsman及其他研究人员指出，他们无法在实验室中培育占绝大多数的微生物进行研究，根本不知道这些生物体赖以生长的条件。美国能源部联合基因组研究所SusannahTringe表示，微生物几乎生活在每个栖息处，不论是土壤还是水中，如果试图将它们带回实验室，则可能会培育出一些东西，但它们通常不是占优势的微生物，可以从微生物中分离DNA，因为DNA是了解这些群落的途径。Tringe所指的"群落"即是微生物群落及其生活的环境。例如，在苹果园里，