黄干脐菇子实体小。菌盖直径1-2.5cm，最大超不过3cm，初半球形，中部下凹成脐状，后边缘展开近似漏斗状，表面湿润，光滑，橙黄色至橘黄色，边缘具明显的条纹。黄干脐菇菌肉很薄，膜质，黄色。菌褶黄白色后呈污黄色，直生至明显延生，密至稍稀，不等长，稍宽，褶间有横脉相连。菌柄长1-3.5cm，粗0.2-0.3cm，往往上部稍粗呈黄色，下部暗褐色至黑褐色，基部有浅色毛，内部松软至空心。孢子光滑，无色，椭圆形，非淀粉反应，5.8-7.6μm×2-3.3μm。囊体无色，棒状或瓶状，30-35μm×8.9-10.2μm。