初古菌门，理学-生物学-微生物学-微生物分类学-古菌的分类，古菌域的一个候选门。“Korarchaeota”中的前缀源于希腊语“koros”或“kore”，意为“年轻男人”或“年轻女人”。1996年，S.M.巴恩斯[注]等报道，通过环境16S rRNA序列分析，在黄石公园热泉中发现了古菌域中可能存在的新的分支（样品编号为pJP78和pJP27），并建议命名为初古菌。随后在其他陆生热泉及海底热液环境中也检测到了初古菌特异的16S rRNA基因序列，这些序列常见于近中性热泉（＞55℃，pH4.7～8.5）。初古菌系统发育学多样性较低，但表现出明显的地理分布特征，在自然生境中丰度很低。根据16S rRNA基因序列分析，初古菌门既不同于泉古菌门，也不同于广古菌门，是古菌域中一个深度分叉的分支。尽管尚未获得纯培养物，但含初古菌菌株的混合培养物可以在85℃、pH6.5、严格厌氧的条件下长期存活。唯一通过混合培养得到的初古菌菌株定名为Candidatus Korarchaeum cryptofilum，其细胞呈直径小于0.2微米的纤丝，长短不一，最长可达100微米。