氢氧化菌（hydrogen-oxidizing microorganism），理学-生物学-微生物学-微生物生理学，以氢气为能源和电子供体，以二氧化碳为碳源进行生物合成的微生物。属于化能无机自养型。氢氧化菌氧化氢的过程中产生的电子通过电子传递链产生质子动势（proton motive force; PMF），PMF促使腺苷三磷酸（ATP）产生（氧化磷酸化产能），一般电子的最终受体为氧气，产物为水。氢氧化产生的能量用于二氧化碳固定和细胞生长。某些产碱菌属、噬氢菌属和假单胞菌属的细菌是以氧气为最终电子受体的氢细菌。人们已发现铁离子（Fe3+）、硫和一氧化碳也能作为氢氧化菌的最终电子受体。还发现一些古菌也能进行氢氧化获得能量固定二氧化碳，如布氏热网菌的最适生长温度为105℃，属于专性厌氧古菌，它以氢气为能源和电子供体，在氢氧化过程中产生的电子通过电子传递链（氧化磷酸化）产生能量，电子的最终受体为硫，产物为硫化氢，产生的能量用于二氧化碳的固定。布氏热网菌的这种营养类型被称为氢-硫自养型。通常情况下，如果环境中存在有机物时，这些氢氧化菌也会利用有机物生长。