蛋白质降解指食物中的蛋白质要经过蛋白质降解酶的作用降解为多肽和氨基酸然后被人体吸收的过程。食用蛋白质类的食物，不能直接被人体吸收，而要经过蛋白质降解酶的作用降解为多肽和氨基酸才行，因此对人类意义重大。2004年10月6日，瑞典皇家科学院宣布，将2004年诺贝尔化学奖授予以色列和美国的三名科学家，以表彰他们发现了泛素调节的蛋白质降解的作用。蛋白质降解导致的结构变化很复杂，如羰基化、肽主链的断裂以及分子间二硫键的形成是蛋白质结构变化的基本机制。其中，氨基酸残基侧链的羰基化、羟基化等是蛋白质氧化产生的主要变化。