S1核酸酶是从米曲霉(aspergill suoryzae) 中提取的。S1核酸酶是一种特异性单链核苷酸内切酶。能降解单链DNA 和单链RNA，产生5'- 单链核苷酸或寡核苷酸。双链DNA、双链RNA 和DNA-RNA 杂交分子对S1核酸酶具有较大的抵抗力，只有高浓度的酶才可使其消化。它水解单链DNA 的速率要比水解双链DNA快75 000 倍。酶反应的最适PH 为4.0~4.3,pH4.9 时酶活性下降50%。对双链DNA、双链RNA和DNA-RNA杂交体相对不敏感。通常水解单链DNA的速率要比水解双链DNA快75000倍。这种酶需要低水平的Zn的激活，最适pH范围为4.0~4.3。一些螯合剂(如EDTA和柠檬酸等)能强烈地抑制S1核酸酶活性，此外磷酸缓冲液和0.6%左右的SDS溶液也可以抑制它的活性，但它对尿素以及甲酰胺等试剂则是稳定的。S1核酸酶的单链水解功能可以作用于双链核酸分子的单链区，并从单链部位切断核酸分子，而且这种单链区可以小到只有一个碱基对的程度。由于具备这种功能，使S1核酸酶在分析核酸杂交分子(RNA-DNA)的结构、给RNA分子定位、测定真核基因中间隔子序列的位置