位点连接药物设计法（site point connection-based drug design），理学-化学-物理化学-化学信息学-从头药物设计-位点连接药物设计法，根据位点特征和位置，在靶标活性口袋中放入合适的配体分子片段的方法。位点就是在活性口袋中能与靶标的化学特征相匹配的结构模式。位点实际上定义了活性口袋中配体分子可能的化学特征，一个位点一般包含两个属性：①位点的化学特征，需要根据靶标受体的特征来定义，如果靶标的特征为氢键受体，那与这个特征相对应的位点则为氢键给体。如果靶标的特征为氢键给体，那与这个特征相对应的位点则为氢键受体。②位点的空间坐标，需要根据靶标的结构以及一些半经验的规则来定义。一般在位点连接法中，氢键给体位点或靶标位点用线来表示，而疏水位点则用点来表示。在位点定义完成以后，就需要根据位点特征和位置在靶标活性口袋中放入合适的配体分子片段。在某种意义上，位点连接法和片段定位法具有一定的相似性。但片段定位法仅通过一定的规则在活性口袋中放置合适的分子片段，而位点连接法不仅根据位点在活性口袋中放置合适的分子片段，还需要在片段上进行生长和连接，以得到完整的配体分子。