聚合酶链反应测序法（PCR sequence analysis），理学-生物学-生物工程-生物技术-生物技术-基因组工程-连接酶链式反应，利用热循环仪高效的自动循环能力，使链终止的序列产物以线性方式获得扩增，从而产生高显影度的序列梯度的测序方法。DNA序列测定引入双脱氧核苷三磷酸（ddNTP）作为链终止剂，ddNTP在DNA聚合酶作用下，通过其5′三磷酸基团可以掺入正在延伸的DNA链中，但由于其脱氧核糖3′位置少一个羟基，因此不能同后续的脱氧核苷三磷酸（dNTP）形成磷酸二酯键，使得DNA链的延伸被终止。根据此原理，在DNA合成反应混合物的4种dNTP中加入一定比例的1种ddNTP，dNTP参与的链延伸将与ddNTP参与的链终止发生随机竞争，最终反应产物是一系列的寡核苷酸链，其长度取决于从用以起始DNA合成的引物末端到出现过早链终止的位置之间的距离。