计算生物学引导设计（computational biology-guided design），理学-生物学-生物工程-酶工程-酶工程-酶分子改造-酶理性设计，利用计算机模拟分子相互作用的原理来进行蛋白质或小分子药物设计的方法。计算生物学将生物学原理，包括生物分子相互作用规律、基因序列信息、蛋白质结构功能关系等，通过计算生物学模拟，有目的地针对蛋白质不同方面的性质进行优化的学科。已经成为推动药物设计及合成生物学发展的利器。在蛋白质工程领域，通常需要对目的蛋白质进行分子设计，来改善蛋白质的性质。为了研究蛋白质的结构与功能之间的关系，常需要研究目的蛋白质在发挥功能作用时的构象变化，这种动态变化情况复杂多变，很难用实验的手段实现，计算生物学引导设计为研究这类问题提供了可行的理论计算手段。