南京临时政府官制基本采取美国式的总统制，不设国务总理，而由临时大总统直接统辖各部。临时大总统和各部总长组成国务会议，决定重大政务。其法律根据是1911年12月3日各省都督府代表联合会议决的《中华民国临时政府组织大纲》。临时大总统为最高行政首长，临时副总统的地位仅次于临时大总统，均由各省都督府代表会选举，以得票满投票总数三分之二以上者当选。因属临时性质，任期未作规定。临时大总统因故不能视事，得委托临时副总统代理；因故去职，则由临时副总统升任。其职权为统治全国和统率陆海军，有宣战、媾和、缔约、用人、制定官制、官规等权力。行使上述权力时，须得临时参议院同意，并要向临时参议院进行交议和咨询，对于参议院的议决如不同意，得行使复议权。临时大总统府置秘书处，设秘书长一人。其他直属高级职员有枢密顾问、法律顾问、政治顾问、议和参赞等。